Um einen USB-Stick so vorzubereiten, damit er sowohl unter Windows als auch unter Linux erkannt wird und man damit Daten zwischen den beiden Welten austauschen kann, empfiehlt sich exFAT als Dateisystem zu verwenden.
exFAT hat keine Dateigrößenbeschränkung (anders als FAT32 mit 4 GB Limit) und wird von allen gängigen Linux-Distributionen unterstützt.
Sowohl unter Windows also auch unter Linux kann man den Dialog zu Formatierung des USB-Sticks im Kontext-Menü des Sticks öffnen (d.h. rechten Maustaste auf dem Icon des Sticks).